Der Prinz Tamino soll Pamina, die Tochter der Königin der Nacht, aus dem Palast des mächtigen Sarastro befreien, wohin sie laut Königin verschleppt wurde. Unterstützt wird er hierbei vom Vogelfänger Papageno. Dieser bekommt von 3 geheimnisvollen Knaben eine Flöte überreicht, deren Klänge Wunder bewirken können. Allmählich erkennen sie, dass Sarastro nicht der grausame Herrscher ist, der ihnen geschildert wurde, sondern eine Gemeinschaft von Priestern und Eingeweihten leitet, die sich den Ideale der Aufklärung, Freiheit, Toleranz und Humanität, verpflichtet haben.
Tamino und Pamina verlieben sich, und bestehen gemeinsam die Prüfungen, die ihnen von Sarastro auferlegt wurden, bevor sie zusammenkommen dürfen. Auch Papageno findet seine lang ersehnte Papagena. Die Königin der Nacht, die die Wendung zum Guten bis zum Ende verhindern wollte, versinkt mit ihrem Gefolge in der Tiefe.

Die Bamberger Loge „Zur Verbrüderung an der Regnitz“ holt mit dieser Aufführung in ihrem Tempelraum die Zauberflöte zurück in die Sphäre der Freimaurerei, von der sie inspiriert wurde.

Die Fassung, in der das Werk hier geboten wird, ist ihrerseits eine Besonderheit. Der Flötist Franz Heinrich Ehrenfried, ein Zeitgenosse Mozarts, hat die komplette Musik der Oper 1793, nur zwei Jahre nach Mozarts Tod zu einem kammermusikalischen Fest für Solo-Flöte und Streichinstrumente umgewandelt.

Die Flötistin Timea Acsai, Mitglied der Bamberger Symphoniker sowie ein Streichtrio mit weiteren Musikern dieses Orchesters, werden diese unbekannte Fassung zum Klingen bringen. In einer eigenen Textfassung lässt der bekannte Schauspieler und Sprecher Andreas Ulich die Handlung der Oper vor uns erstehen.